Với hơn 20 hòn đảo lớn nhỏ nằm trong quần đảo An Thới cùng hệ sinh thái đa dạng, và theo đánh giá của các nhà khoa học, vùng biển Phú Quốc còn lưu giữ được hệ sinh thái tương đối nguyên sơ, với những rạn san hô tuyệt đẹp có thể hình thành các khu bảo tồn hay qui hoạch thành vùng du lịch lặn biển ngắm san hô rất hấp dẫn.Các rặng san hô này chiếm đến 41% diện tích. Đã thống kê được 89 loài san hô cứng, 19 loài san hô mềm, 125 loài cá ở rặng san hô, 132 loài thân mềm, 32 loài da gai và 62 loài rong biển, trong đó nhiều loài quan trọng như trai tai tượng và ốc đun cái….